ცხოვრების ბოლო წლები

1945 წლის 11 აპრილს ექვთიმე თაყაიშვილი საქართველოს განძით დატვრითული ამერიკული თვითმფრინავით თბილისში დაბრუნდა. იმავე წლის 15 აპრილს ექვთიმე თაყაიშვილი აღადგინეს პროფესორად თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის საქართველოს ისტორიის კათედრაზე, ხოლო 10 მაისს მიანიჭეს დამსახურებული პროფესორის წოდება. 1946 წლის 28 დეკემბერს იგი აირჩიეს საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის აკადემიკოსად. 1946 წელს ექვთიმე თაყაიშვილი საჯაროდ წარდგა თბილისის უნივერსიტეტის პროფესორ-მასწავლებელთა წინაშე მოხსენებით „ევროპაში ნახული ქართული ძეგლები და იქვე შეკრებილი ცნობები ქართული ძეგლების შესახებ“. მეტად მნიშვნელოვანია მის მიერ 1949 წელს სრული სამეცნიერო აპარატის თანხლებით გამოცემული სუმბატ დავითის ძის ქრონიკა ტაო-კლარჯეთის ბაგრატიონთა შესახებ. 1949 წლის 17 სექტემბერს სსრ კავშირის უმაღლესმა საატესტაციო კომისიამ დაუმტკიცა დოქტორის ხარისხი და პროფესორის წოდება.
1951 წელს დააპატიმრეს ექვთიმეს შვილიშვილი ლიდა პოლტორაცკაია, ვისთან ერთადაც ცხოვრობდა ბინაში. 1952 წლის დასაწყისში გაათავისუფლეს უნივერსიტეტიდან „საკმარისი პედაგოგიური დატვირთვის უქონლობის გამო“ მეცნიერი 1953 წლის 21 თებერვალს, უკიდურეს გაჭირვებაში, გულის დამბლის შედეგად გარდაიცვალა. 24 თებერვალს უკანასკნელ გზაზე ვაკის სასაფლაომდე, მისი ნეშტი მხოლოდ ორმოცდარვა ადამიანმა გააცილა.